Primeiros Passos

Como primeiros passos, vamos abordar um fluxo simples de segmentação que pode ser realizado tanto com imagens de lâminas delgadas quanto com imagens de micro CT.

Para começar, abra o GeoSlicer e escolha um tipo de projeto na tela inicial. O ambiente escolhido precisa ser compatível com o tipo de imagem que você usará de exemplo. Escolha Volumes para imagens de micro CT e Thin Section para imagens de lâminas delgadas.

1. Abrir Imagem

O primeiro passo é abrir a imagem que você deseja segmentar. Ao selecionar uma ambiente no menu inicial, o módulo que irá aparecer, no lado esquerdo, é o Loader daquele ambiente.

• Para micro CT veja essa etapa em Load MicroCT (TODO).
• Para lâminas delgadas veja essa etapa em Load ThinSection (TODO).

2. Segmentar Imagem

Após abrir a imagem, o próximo passo é segmentá-la. A segmentação é o processo de dividir a imagem em regiões de interesse. A imagem a seguir mostra um exemplo de segmentação de uma lâmina em duas regiões, poro e não-poro. Essa segmentação pode ser feita no módulo Segmentation -> Manual Segmentation, ver Manual Segmentation (TODO) para mais detalhes.

Nessa etapa, você pode optar por criar uma segunda segmentação para representar a região de interesse, ou seja, a área que você de fato quer analisar. Normalmente esse passo é feito quando há alguma sujeira ou região que não interessa na imagem.

3. Analisar Imagem

Uma vez feita a segmentação, você pode quantificar as regiões segmentadas, fazer analises como distribuição de tamanho de poros. Para isso, vamos focar na região de interesse que você segmentou como Poro. Utilize o Segment Inspector para inspecionar a imagem.

O Segment Inspector funciona de forma similar para ambos os tipos de imagem. Ele faz o particionamento da região de interesse de acordo com a configuração que o usuário escolher. No caso, como vamos analisar a região porosa, ele vai particionar a segmentaçao identificando as gargantas e separando os poros. Como resultado final, além da imagem particionada, você obtêm uma tabela com diversas estatísticas sobre os poros (sufixo '_Report').

4. Exportar Resultados

Por fim, você pode exportar os resultados da análise. Além de simplesmente salvar o projeto no formato do GeoSlicer, você pode exportar os resultados da análise em diversos formatos, como CSV, NetCDF e RAW. Assim você pode compartilhar esses resultados ou até mesmo carregar em outro sofware. Para isso, utilize o módulo Exporter. Teste todos os formatos para aprender como cada um se comporta.