Carregador de imagens grandes

Observação

Este módulo está disponível apenas na versão privada do GeoSlicer. Saiba mais clicando aqui.

O módulo Big Image é um kit de ferramentas para trabalhar com imagens grandes usando memória limitada. Visualize fatias, corte, reduza a resolução e converta o tipo sem carregar a imagem inteira na RAM. Atualmente, suporta o carregamento de imagens NetCDF de vários arquivos do sistema de arquivos local ou de imagens NetCDF MicroCT do módulo BIAEP Browser.

Como Usar

Siga os passos abaixo para carregar, pré-visualizar e reduzir uma imagem de grande porte.

Passo 1: Carregar o Conjunto de Dados NetCDF

1. Na seção Load Multi-file NetCDF Image, clique no botão ao lado de Input directory para selecionar a pasta que contém o(s) arquivo(s) NetCDF (.nc).
2. Uma vez que um diretório válido é selecionado, o botão Load dataset será habilitado.
3. Clique em Load dataset. Isso irá analisar os metadados dos arquivos e criar imagens virtuais na hierarquia de dados do GeoSlicer. Esta operação é rápida e não consome muita memória, pois os dados da imagem ainda não são carregados.

Observação

Uma imagem virtual é uma imagem no projeto GeoSlicer que aponta para o local onde uma imagem grande está armazenada. Ao salvar o projeto, apenas o endereço da imagem é armazenado na pasta do projeto.

Figura 1: Seção "Load Multi-file NetCDF Image" com o diretório selecionado e o botão "Load dataset" habilitado.

Passo 2: Selecionar e Inspecionar a Imagem

1. Na seção Data, clique no seletor Image para ver a lista de imagens disponíveis no conjunto de dados carregado. Selecione a imagem que deseja inspecionar.
2. Após a seleção, os campos Shape (XYZ) e Data type serão preenchidos com as informações da imagem selecionada.

Figura 2: Seção "Data" mostrando a seleção de uma imagem e os campos de informação preenchidos.

Passo 3: Pré-visualizar Fatias da Imagem

1. Com uma imagem selecionada, clique no botão Preview image para entrar no modo de pré-visualização.
2. A seção Slice Preview aparecerá. Use os sliders Z, Y e X para navegar pelas fatias da imagem nos visualizadores 2D. Apenas a fatia selecionada é carregada do disco, permitindo a exploração de imagens muito grandes.
3. Para sair do modo de pré-visualização, clique em Stop preview.

Figura 3: Seção "Slice Preview" e os visualizadores 2D mostrando uma fatia da imagem de grande porte.

Observação

Para imagens NetCDF salvas sem chunking, a visualização pelo slider Z (plano YX) costuma ser a mais rápida, enquanto os outros eixos demoram mais. Para imagens salvas com chunking, é possível visualizar rapidamente por qualquer eixo.

Dica

No módulo Explorer, você pode iniciar a pré-visualização de uma imagem virtual já carregada ativando o ícone de olho dela.

Passo 4: Configurar a Redução da Imagem

Para carregar uma versão menor da imagem na memória, configure as opções na seção Reduce Image.

• Crop: Defina uma região de interesse (ROI) para cortar a imagem. Especifique a coordenada inicial em Crop origin e o tamanho do corte em Crop size para cada eixo (X, Y, Z). Você pode definir o corte interagindo com o ROI no visualizador 3D, ou definindo os valores diretamente. Use o botão Reset crop region para redefinir a área para a imagem inteira.
• Downsample: Reduza a resolução da imagem definindo um Downsample factor. Um fator de 2, por exemplo, reduzirá o tamanho da imagem em 8 vezes (2³).
• Numeric type conversion: Converta o tipo numérico da imagem para um que consuma menos memória (por exemplo, uint8).
  • Se a caixa Map min and max values... estiver marcada, os valores da imagem serão remapeados para o novo intervalo de tipo, preservando a faixa dinâmica.
  • Se desmarcada, os valores fora do novo intervalo serão limitados.

Figura 4: Seção "Reduce Image" com as opções de Crop, Downsample e Type Conversion destacadas.

Passo 5: Carregar a Imagem Reduzida

1. Na seção Output, verifique o tamanho estimado da imagem final em Output size.
2. Defina um nome para o novo volume em Output name.
3. Clique em Load reduced image. As operações de redução (corte, reamostragem e conversão de tipo) serão executadas e o volume resultante será carregado no GeoSlicer.

Figura 5: Seção "Output" com o nome de saída e o botão "Load reduced image" destacados.

Com a imagem reduzida gerada, você pode visualizá-la habilitando a visualização na aba Explorer.

Figura 6: Visualização da imagem 3D da versão reduzida.