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MicroCT Import

Observação

Alguns recursos deste módulo estarão disponíveis apenas na versão privada do GeoSlicer. Saiba mais clicando aqui.

O ambiente de micro CT possui apenas um Loader para carregar volumes 3D. Ele é capaz de reconhecer diversos tipos de dados, como:

  • RAW: Arquivos de imagem em formato RAW.
  • TIFF: Arquivos de imagem em formato TIFF.
  • PNG: Arquivos de imagem em formato PNG.
  • JPG: Arquivos de imagem em formato JPG.

Com exceção do formato RAW, o Loader requer um diretório contendo as imagens 2D que compõem o volume. O Loader irá reconhecer as imagens e montar o volume automaticamente. Abaixo vamos detalhar esses dois modos de funcionamento.

Visualização de formatos TIFF, PNG e JPG

  1. Clique no botão Choose folder para selecionar o diretório contendo imagens de micro CT. Nessa opção o diretório precisa conter imagens 2D para compor o volume 3D.
  2. Ao selecionar o diretório, o módulo informa quantas imagens ele encontrou, para que o usuário confirme que todas as imagens foram detectadas corretamente. Em caso de faltar imagens, o usuário pode verificar se o nome de alguma delas não está fora do padrão, causando a falha na detecção.
  3. Automáticamente o módulo tenta detectar o tamanho do pixel das imagens através do nome do arquivo(ex. prefixo "_ 28000nm). Caso o valor detectado não esteja correto, o usuário pode alterar o valor manualmente.
  4. Clique no botão Load micro CTs para carregar as imagens. O volume 3D será montado e disponibilizado na View principal e acessível via Explorer.

Visualização de formato RAW

  1. Clique no botão Choose file para selecionar o arquivo RAW.
  2. Como o arquivo .RAW não possui informações sobre a imagem diretamente no formato, o módulo tenta inferir as configurações do dado pelo nome do arquivo. Por exemplo, AFLORAMENTO_III_LIMPA_B1_BIN_1000_1000_1000_02214nm.raw
    • Tamanho do pixel: 2214nm
    • Tamanho do volume: 1000x1000x1000
    • Tipo de pixel: BIN (8 bit unsigned)
  3. O usuário pode alterar manualmente as configurações do volume, como tamanho do pixel, tamanho do volume e tipo do dado, caso alguma informação não tenha sido detectada corretamente ou simplesmente não exista.
  4. Clique no botão Load para carregar o volume. O volume 3D será montado e disponibilizado na View principal e acessível via Explorer.

Explorando os Parâmetros de Importação

Existe a opção Real-time update que permite que o volume seja atualizado automaticamente conforme as configurações são alteradas. No entanto, recomendamos que o usuário não utilize essa opção para volumes muito grandes.

  1. Mude o campo X dimension até colunas retas aparecerem na image (se as colunas estiverem ligeiramente inclinadas então o valor está próximo de estar correto). Tente com diferentes valores de endianness e tipo de pixel se nenhum valor em X dimension parece fazer sentido.
  2. Mova Header size até a primeira linha da imagem aparecer no topo.
  3. Altere o valor do campo Z dimension para algumas dezenas de fatias para tornar mais fácil ver quando o valor de Y dimension está correto.
  4. Altere o valor de Y dimension até a última linha da imagem aparecer na parte mais baixa.
  5. Altere o slider Z dimension até todas as fatias da imagem estarem inclusas.

Recursos Avançados de Importação

img.png

Auto-crop

O usuário pode ativar a opção Auto-crop Rock Cylinder para cortar a imagem automaticamente. Essa solução é aplicada para casos onde o volume de estudo é um cilindro, normalmente envolto por outras camadas de outros materiais. Essa opção, tenta detectar o cilindro relevante e gerar uma região para recortar (crop). Antes de aplicar o recorte, o módulo apresenta a região detectada para que o usuário possa confirmar se a região está correta ou fazer ajustes para enquadrar a região de interesse.

img_1.png

Normalização de Imagens

Algumas imagens podem ser importadas usando um arquivo de normalização dos valores, o PCR. Para isso, o usuário deve selecionar a opção Normalize min/max with PCR file e selecionar o arquivo PCR correspondente. As opções de uso do arquivo são:

  • Normalize min/max (float): Normaliza os valores da imagem com base no arquivo PCR.
  • Divide by alumminum median (float): Divide os valores da imagem pela mediana do alumínio.
  • Alumminum contrast range (uint8): Define o intervalo de contraste do alumínio.