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Import

Observação

Alguns recursos apresentados nesta página estarão disponíveis apenas na versão privada do GeoSlicer. Saiba mais clicando aqui.

BIAEP Browser

Esse módulo serve para acessar e baixar amostras a partir da base de dados BIAEP da Petrobras. Após logar com as suas credenciais, o usuário tem acesso a dados organizados por poço. Adicionando os poços escolhidos a uma lista de seleção, pode-se observar por exemplo, todas as amostras que contenham determinado tipo de dados, como: fotos, microtomografia, tomografia, lâminas ou perfil de imagem. O módulo também apresenta uma interface interativa com uma prévia das amostras e ao decidir quais dados quer importar o usuário pode baixá-los para fazer análises.

Open Data Rocks

O módulo Open Data Rocks permite o acesso à imagens digitais de rochas normalmente adquiridas usando técnicas de imagem tridimensionais. O módulo utiliza a biblioteca drd de Lukas-Mosser para acessar dados de microtomografia de diferentes fontes geológicas, incluindo o Digital Rocks Portal e Imperial College London. Ele permite o download e a extração de datasets importantes, como Eleven Sandstones e ICL Sandstone Carbonates, facilitando o processamento e salvamento em formato NetCDF para análise posterior.

Painéis e sua utilização

Figura 1
Figura 1: Apresentação do módulo Auto Registration.

Principais opções

  • Datasets: Escolha entre as imagens disponíveis para download

  • Download: inicie o donwload da amostra selecionada

  • Painel de retorno: Informações sobre o processo de download são retornadas através desse painel

NetCDF

O módulo NetCDF fornece um conjunto de ferramentas para trabalhar com o formato de arquivo NetCDF (.nc), que é usado no GeoSlicer para armazenar múltiplos volumes, segmentações e tabelas em um único arquivo autocontido.

A principal vantagem de usar o formato NetCDF é a capacidade de agrupar dados relacionados em um único arquivo. Por exemplo, você pode salvar um volume de imagem original e múltiplas segmentações ou análises (como tabelas de porosidade) juntos. Isso mantém todos os dados do seu projeto organizados e portáteis, facilitando o compartilhamento e o arquivamento.

Além disso, o NetCDF é um formato de dados padrão e autodescritivo, amplamente utilizado em aplicações científicas. Isso significa que os arquivos .nc gerados pelo GeoSlicer podem ser facilmente abertos e processados por outras ferramentas e bibliotecas externas, como xarray e netCDF4 em Python, permitindo fluxos de trabalho de análise personalizados.

Funcionalidades

O módulo é dividido em três abas principais:

  • Import: Permite carregar dados de um arquivo NetCDF (.nc) ou HDF5 (.h5, .hdf5) para a cena.
  • Save: Permite salvar novas imagens ou tabelas de uma pasta de projeto de volta ao arquivo NetCDF original de onde foram importadas. Esta operação modifica o arquivo existente.
  • Export: Permite exportar um ou mais itens da cena para um novo arquivo NetCDF.

Integração com Outros Módulos

Os arquivos NetCDF integram-se com outros módulos do GeoSlicer para fluxos de trabalho avançados:

  • É possível importar um arquivo NetCDF usando o Carregador de Micro CT.
  • Para arquivos NetCDF que contêm imagens muito grandes para caber na memória, você pode usar o módulo Big Image para visualizá-los e processá-los de forma eficiente.

Importação NetCDF

A aba Import é usada para carregar dados de arquivos NetCDF (.nc) ou HDF5 (.h5, .hdf5) para o GeoSlicer.

Aba de Importação do NetCDF

Como Usar

  1. Navegue até o módulo NetCDF e selecione a aba Import.
  2. Clique no botão de seleção de arquivo ao lado de "NetCDF file:" para abrir o explorador de arquivos.
  3. Selecione o arquivo .nc, .h5 ou .hdf5 que deseja carregar.
  4. Clique no botão Load.

Comportamento

Ao carregar um arquivo, o GeoSlicer cria uma nova pasta na hierarquia de dados com o mesmo nome do arquivo. Todos os volumes, segmentações e tabelas contidos no arquivo NetCDF são carregados dentro desta pasta.

Esta pasta de projeto é vinculada ao arquivo original. Essa vinculação é essencial para a funcionalidade de Save, que permite atualizar o arquivo original com novos dados gerados no GeoSlicer.

Exportação NetCDF

A aba Export permite salvar um ou mais itens da cena (volumes, segmentações, tabelas) em um novo arquivo NetCDF (.nc). É a ferramenta ideal para criar um novo conjunto de dados a partir de resultados gerados ou modificados no GeoSlicer.

Aba de Exportação do NetCDF

Como Usar

  1. Navegue até o módulo NetCDF e selecione a aba Export.
  2. Na árvore de hierarquia de dados exibida no módulo, selecione os itens que deseja exportar. Você pode selecionar itens individuais (como volumes ou tabelas) ou pastas inteiras para exportar todo o seu conteúdo.
  3. Escolha o caminho de destino e o nome do novo arquivo no campo Export path.
  4. Configure as opções de exportação conforme necessário (detalhadas abaixo).
  5. Clique no botão Export.

Opções de Exportação

  • Use the same coordinate system for all images:

    • Quando marcada, esta opção garante que todas as imagens exportadas sejam alinhadas espacialmente. As imagens são reamostradas para se ajustarem a um sistema de coordenadas comum, definido pelo Reference node.
    • Isso é útil para garantir o alinhamento, mas pode aumentar o tamanho do arquivo se as imagens tiverem orientações ou espaçamentos muito diferentes, devido à necessidade de preenchimento (padding).
    • Se desmarcada, cada imagem é salva com seu próprio sistema de coordenadas, o que pode resultar em um arquivo menor.

  • Reference node:

    • Ativado apenas quando a opção acima está marcada.
    • Selecione uma imagem (volume) que servirá como referência para o sistema de coordenadas. Todas as outras imagens serão alinhadas a esta.

  • Use compression:

    • Quando marcada, aplica compressão aos dados, o que reduz o tamanho final do arquivo.
    • A compressão pode tornar o processo de salvar e carregar o arquivo um pouco mais lento.

Diferença entre Export e Save

  • Export sempre cria um novo arquivo .nc.
  • Save modifica um arquivo .nc existente que foi previamente importado.

Salvar Dados em um Arquivo NetCDF Existente

A aba Save oferece uma maneira de atualizar um arquivo NetCDF (.nc) que foi previamente importado para o GeoSlicer. Ela permite adicionar novos itens (como volumes, segmentações ou tabelas) de uma pasta de projeto de volta ao arquivo original, modificando-o diretamente.

Aba de Salvamento do NetCDF

A principal motivação para usar a funcionalidade Save é poder salvar alterações ou novos dados (como uma segmentação recém-criada) de volta ao arquivo NetCDF original, preservando todos os atributos, metadados e a estrutura de coordenadas existentes. Ao contrário da opção "Export", que cria um arquivo completamente novo, "Save" apenas anexa os novos dados, garantindo que a consistência com o arquivo original seja mantida. Isso é ideal para fluxos de trabalho iterativos, onde você enriquece um conjunto de dados existente sem perder o contexto original.

Como Usar

A funcionalidade Save foi projetada para um fluxo de trabalho específico:

  1. Primeiro, importe um arquivo NetCDF usando a aba Import. Isso criará uma pasta de projeto na hierarquia de dados.
  2. Trabalhe no seu projeto. Você pode, por exemplo, criar uma nova segmentação para um volume que estava no arquivo ou arrastar um novo volume para dentro da pasta do projeto.
  3. Navegue até o módulo NetCDF e selecione a aba Save.
  4. No campo Folder, selecione a pasta de projeto que corresponde ao arquivo que você deseja atualizar.
  5. O campo Save as: será preenchido automaticamente com o caminho do arquivo original, confirmando para onde as alterações serão salvas.
  6. Clique no botão Save.

Comportamento

  • A operação modifica o arquivo original. É recomendável fazer um backup se você precisar preservar o estado anterior do arquivo.
  • Apenas os novos itens dentro da pasta do projeto que ainda não existem no arquivo .nc serão adicionados.
  • Itens que já estavam no arquivo não são sobrescritos ou excluídos.
  • As novas imagens adicionadas são automaticamente reamostradas para se alinharem ao sistema de coordenadas dos dados já existentes no arquivo.

Diferença entre Save e Export

  • Save modifica um arquivo .nc existente, preservando sua estrutura e metadados.
  • Export sempre cria um novo arquivo .nc.

3D Surface Loader

O módulo 3D Surface Loader é uma ferramenta projetada para carregar e visualizar modelos de superfície 3D texturizados no ambiente do GeoSlicer. Sua principal finalidade é importar modelos no formato .obj que são acompanhados por arquivos de material (.mtl) e texturas de imagem, aplicando essas texturas à geometria do modelo para uma visualização 3D da superfície da rocha. Normalmente, tais imagens são provenientes de scanners 3D.

Como usar

A interface do módulo é direta, focada na importação de modelos com múltiplas texturas.

3D Surface Loader Module

As opções principais opções disponíveis para importar o modelo 3D são:

  1. Model file (obj): Selecione o arquivo de modelo 3D com a extensão .obj que você deseja carregar.
  2. Material file (mtl): Selecione o arquivo de material correspondente, com a extensão .mtl. O módulo tentará preencher este campo automaticamente se um arquivo .mtl com o mesmo nome do arquivo .obj for encontrado no mesmo diretório.
  3. Texture directory: Especifique o diretório onde as imagens de textura (por exemplo, arquivos .png ou .jpg referenciados pelo arquivo .mtl) estão localizadas. O módulo também tentará preencher este campo automaticamente com base no caminho do arquivo do modelo.
  4. Save color information as point data : Esta opção permite salvar as cores da textura como atributos do modelo. Isso pode ser útil para análises ou filtros subsequentes baseados em cor. As opções são:
    • disabled: Não salva informações de cor nos pontos.
    • separate scalars: Salva os canais de cor (Vermelho, Verde, Azul) como arrays escalares separados.
    • single vector: Salva a informação de cor como um único vetor de 3 componentes (RGB).
  5. Import: Após preencher os campos, clique neste botão para carregar o modelo e suas texturas na cena.
  6. Clear views: Desabilita as slices normalmente utilizadas no slicer, para visualizar apenas o modelo 3D.